滅菌室主要用于培養基和器皿的滅菌，面積一般在30-50平米。建筑上要求其墻壁耐濕、耐高溫、墻壁上最好有排除蒸汽的排風扇。有用于滅菌鍋的二相或三相電源、供水、排水設施齊全。配有干燥箱、高壓蒸汽滅菌鍋、分裝臺。滅菌室應緊鄰冷凝室或者接近接種室，避免滅菌后的培養基長距離搬運。